Nata a Cochrane, in Ontario, nel 1960.
Da sempre fervida attivista per la pace e per i diritti umani, nel 1997 ha lavorato in Afghanistan, prestando aiuto nei campi profughi. Gli incontri, le interviste, le esperienze di quei mesi sono alla base del romanzo Sotto il burqa, incentrato sulla figura di Parvana, giovane ragazza nell'Afghanistan dei talebani, e del suo viaggio per ritrovare la famiglia in un paese lacerato da guerra, violenza e miseria. Con questo romanzo, primo di una quadrilogia che si conclude con Il mio nome è Parvana, vince nel 2002 il Premio Andersen per il miglior libro per lettori da 10 a 12 anni.
Insignita di altissimi riconoscimenti in patria, Deborah Ellis è, oltre che scrittrice prolifica, grande filantropa: è infatti solita devolvere le royalties che percepisce a diverse organizzazioni, tra cui UNICEF e Women for Women in Afghanistan.
È considerata una delle più celebri autrici per ragazzi al mondo. Attualmente lavora come assistente sociale a Toronto, all'interno di un gruppo di sostegno per donne con problemi di salute mentale.