Dopo aver frequentato per un periodo la facoltà di Scienze biologiche, Ammaniti abbandona gli studi per dedicarsi alla scrittura. Il suo esordio arriva nel 1994 con Branchie, un romanzo surreale e grottesco che racconta le avventure di un ragazzo romano alle prese con una malattia e un viaggio in India. Nel 1996 partecipa all'antologia Gioventù cannibale, curata da Daniele Brolli, diventata uno dei manifesti della narrativa italiana degli anni Novanta.

Il grande successo arriva con Io non ho paura, romanzo del 2001 ambientato nella campagna pugliese e raccontato attraverso gli occhi di un bambino. Nel 2007 vince il Premio Strega con Come Dio comanda. Molti suoi libri sono diventati film e serie televisive: tra questi Io non ho paura, diretto da Gabriele Salvatores, e Io e te, diretto da Bernardo Bertolucci. Ammaniti si è cimentato anche nella regia, dirigendo le serie televisive Il miracolo e Anna.

Prima di diventare uno scrittore affermato, Ammaniti ha studiato biologia. L'interesse per il corpo umano, le sue anomalie e i suoi aspetti più inquietanti sembra aver lasciato qualche traccia nelle sue storie, spesso popolate da personaggi fuori dall'ordinario.