Thomas A. Anderson lavora presso la Metacortex come programmatore di software. Di giorno è noto per essere un cittadino modello, altruista e rispettoso della legge, mentre di notte vive una seconda vita, come un attivo hacker, sotto lo pseudonimo di "Neo". Sorvegliato dagli Agenti, a un certo punto viene arrestato, e gli viene inserita una cimice nel corpo per seguirlo. Una notte, ad Anderson compaiono sul monitor una serie di frasi criptiche riguardo a qualcosa chiamato "Matrix": desideroso di sapere cosa sia, Anderson viene contattato da Trinity, esperta hacker braccio destro del misterioso Morpheus, che lo conduce da lui dopo avergli estirpato la cimice. Neo chiede di conoscere di più riguardo al loro operato, e loro si offrono di rivelargli il vero mondo in cui vivono (una scelta simboleggiata da una "pillola rossa"). Dopo aver ingerito la pillola, si sveglia bruscamente nudo immerso in un liquido viscoso di un'incubatrice, con il corpo collegato a cavi elettrici, e si rende conto di essere parte di una tra tante enormi torri circolari che contengono milioni di incubatrici. Il mondo nel quale Neo è vissuto fin dalla nascita è Matrix, una neuro-simulazione interattiva costruita sul modello del mondo del 1999 per tenere calmi gli umani coltivati. Morpheus e la sua squadra sono ribelli che liberano i prigionieri di Matrix con conoscenze informatiche (che quindi possono aiutarli attivamente) e li reclutano nella loro resistenza. Morpheus crede che Neo sia "l'Eletto", ossia colui che sarà in grado di decodificare Matrix e di concludere la guerra contro le macchine, risvegliando l'intera umanità dalla "simulazione onirica" di Matrix stessa.

Alla nascita coppia di fratelli originari di Chicago, Lana e Lilly provengono da una famiglia di ascendenze polacche. Sostengono scherzosamente di aver cominciato la loro collaborazione da "bambini", quando muovevano i primi passi. Entrambe si diplomarono alla Whitney Young High School, una scuola superiore statale nota per i suoi corsi in arti drammatiche e in scienze, rispettivamente nel 1983 e 1985. Non erano considerate delle cime alla Whitney Young - gli studenti se le ricordano che giocavano a Dungeons&Dragons e che lavoravano nel teatro e nel programma televisivo della scuola, ma stavano sempre dietro le quinte. In seguito, Lilly andò all'Emerson College a Boston. Era una brillante studentessa nel suo corso introduttivo di cinematografia, ma lo abbandonò a causa di una bocciatura in un esame; Lana andava al Bard College nella zona nord dello Stato di New York. Dopo aver abbandonato il college, entrarono entrambi nel settore della carpenteria, e cominciarono a sviluppare le loro idee per la Trilogia di Matrix. Prima di entrare nel mondo dello spettacolo, gestirono un'impresa di carpenteria a Chicago mentre creavano fumetti nel tempo libero.